Joint Bayesian modelling of molecular QTL and GWAS effects improves polygenic prediction for complex traits
该研究提出了 SBayesCO 框架，通过联合建模 GWAS 与分子 QTL（如 eQTL 和 pQTL）效应大小，显著提升了复杂疾病的多基因预测精度及关键变异位点的优先排序能力。
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genetic and genomic medicine
189 篇论文
XMR: A cross-population Mendelian randomization method for causal inference using genome-wide summary statistics
该论文提出了一种名为 XMR 的跨人群孟德尔随机化方法，通过利用全球生物库的辅助汇总统计数据增强非欧洲人群的工具变量并控制混杂因素，从而显著提升了因果推断的统计效力、准确性及可重复性，并揭示了不同人群间因果模式的异质性。
Practice-Based Insights into Adult Genetics: High Diagnostic Yield, Demographic Determinants, and Patterns of Test Utilization across 10,000 Patient Encounters
该研究基于近一万次成人遗传门诊的八年电子病历数据，揭示了遗传检测在成人中具有显著的诊断价值（总体阳性率 24%，全外显子测序达 40%），并阐明了检测策略、诊断效能与患者年龄及适应证之间的关键关联，为优化成人基因组医学的临床实践指南和资源配置提供了实证依据。
Enhanced EBNA2-dependent activity in EBV-transformed B cells from patients with multiple sclerosis
该研究揭示了在多发性硬化症患者中，EB 病毒编码的转录因子 EBNA2 活性增强，通过改变宿主基因表达、染色质可及性及转录因子结合，与宿主遗传风险位点相互作用从而促进疾病发病。
Genetically proxied inhibition of angiotensinogen synthesis is associated with lower cardiovascular risk
该研究通过孟德尔随机化分析证实，模拟抑制血管紧张素原合成的遗传变异与血压降低及冠心病、卒中和心力衰竭等心血管风险显著下降相关，且未出现除高钾血症外的重大安全性信号，从而为开发此类药物提供了强有力的遗传学依据。
Integrative screening identifies functional variants and VNTRs underlying GWAS signals at the 5p15.33 multi-cancer susceptibility locus
该研究通过整合统计精细定位、大规模并行报告基因分析及 CRISPRi 筛选，揭示了 5p15.33 癌症易感位点中由 SNP 和 VNTR 共同介导的复杂拮抗多效性机制，并鉴定出受 Hippo 通路转录因子调控的关键功能变异。
PanelAppRex aggregates disease gene panels and facilitates sophisticated search
该论文介绍了 PanelAppRex，这是一个整合了超过 58,000 个基因 - 疾病面板关联的标准化数据集和交互式搜索工具，它支持自然语言查询并能在所有测试案例中准确检索到致病基因，从而解决了现有资源碎片化且难以编程访问的问题。
Whole-genome variant detection in long-read sequencing data from ultra-low input patient samples
该研究评估并证实了超低输入 HiFi（ULI-HiFi）长读长测序技术在低起始量临床样本中检测单核苷酸变异和串联重复序列方面具有高精度，成功揭示了短读长测序难以识别的基因组暗区变异，并发现了一种在家族性腺瘤性息肉病进展中逐渐扩增并抑制抑癌基因 LIMD1 表达的关键串联重复序列。
Gene Portals: A Framework for Integrating Clinical, Functional, and Structural Evidence into Rare Disease Variant Classification
本文介绍了"Gene Portals"框架，该框架通过整合临床、功能、结构及人群变异等多模态证据并统一应用基因特异性 ACMG/AMP 标准，实现了罕见病变异的高效自动化分类与致病机制推断，并在五个神经发育障碍相关基因的门户中得到了成功验证与广泛应用。
Cancer genomic profiling predicts pathogenicity of BRCA1 and BRCA2 variants
该研究利用包含 12 万余例真实世界癌症基因组数据的机器学习模型，通过整合临床及肿瘤特征（如同源重组缺陷特征）成功预测了 BRCA1/2 基因变异致病性，从而显著提升了大量意义未明变异（VUS）的分类能力。
Rare Cholesterol Related Disorders: A Sterolomic Library for Diagnosis and Monitoring of Diseases
本文介绍了一种基于质谱技术的新型固醇组学文库，旨在通过整合 13 种已证实及 8 种预测的胆固醇相关遗传性代谢紊乱数据，解决此类疾病因症状非特异性和缺乏通用诊断测试而导致的诊断延误难题。
Impact of proteogenomic evidence on clinical success
该研究表明，相较于仅依赖人类遗传学证据，结合血浆蛋白数量性状位点（pQTL）的蛋白质组学证据能显著提高药物靶点从临床 I 期推进至获批上市的概率（提升 4.7 倍），并在人类遗传学证据不足的蛋白家族中展现出显著富集效应。
Association of the FTO rs9939609 variant with glycemic control
该研究在墨西哥人群中证实，FTO 基因 rs9939609-A 变异与 2 型糖尿病患者的血糖控制不佳显著相关，即使在调整了年龄、性别、BMI 及药物治疗等因素后，该变异仍可能增加血糖控制失败的风险。
Leveraging the Genetics of Psychiatric Disorders to Prioritize Potential Drug Targets and Compounds
该研究通过整合四大精神疾病的基因组关联分析数据、药物富集分析以及脑和血液组织的大规模转录组与蛋白质组数据，利用遗传学证据优先筛选并验证了针对精神分裂症、抑郁症、双相情感障碍和注意缺陷多动障碍的潜在药物靶点及老药新用机会，为精神疾病的药物开发与临床治疗提供了新的遗传学依据。
FA-NIVA: A Nextflow framework for automated analysis of Nanopore based long-read sequencing data for genetic analysis in Fanconi anemia
本文介绍了 FA-NIVA，这是一个基于 Nextflow 框架的自动化分析工具，旨在利用 Nanopore 长读长测序数据，通过整合单核苷酸变异和结构变异的联合分型，实现对范可尼贫血相关基因的高精度遗传变异检测与单倍型定相。
Pan-cancer tumour classification and risk stratification from whole-genome somatic variants via dual-task representation learning
本文提出了一种名为 MuAt2 的 Transformer 模型，该模型通过双任务表示学习直接从全基因组体细胞变异中实现癌症的组织学类型分类、分子亚型识别及风险分层，显著提升了诊断准确性、预后分层能力以及对转移瘤和原发灶不明癌症的溯源解释能力。
Prediction of incident coronary artery disease in individuals with zero coronary artery calcium using a novel multi-ancestry, label-free polygenic risk score framework
该研究提出了一种名为"8 Billion"的新型无标签多祖先多基因风险评分框架，证明在冠状动脉钙化（CAC）积分为零的人群中，高多基因风险仍与显著的冠心病发病风险及达到指南治疗阈值相关，表明结合多基因风险评分可弥补单纯影像学评估的不足，从而优化预防决策。
Too rare to be random: genetic finding suggests previously unrecognized path of mutagenesis
该研究报道了一种在 HNRNPU 相关神经发育障碍双胞胎中发现的全新基因型配置“簇状单等位基因嵌合（cMoMa）”，并提出其源于早期胚胎细胞中单次突变事件的不对称修复，这一发现揭示了一种此前未被认知的突变机制，扩展了我们对嵌合现象的定义。
Molecular characterisation of a Klebsiella pneumoniae neonatal sepsis outbreak in a rural Gambian hospital: a retrospective genomic epidemiology investigation
这项针对冈比亚农村医院新生儿脓毒症爆发的回顾性基因组流行病学研究，利用全基因组测序技术确认了由多药耐药性肺炎克雷伯菌 ST39 克隆（携带 blaCTX-M-15 基因）引起的疫情源于被污染的静脉输液袋，并揭示了该克隆在全球范围内的传播潜力及其对新生儿的高致死风险。
Genetic liability to hip osteoarthritis confers neurovascular protection against Alzheimer's disease despite depression-mediated phenotypic comorbidity
该研究揭示，尽管髋关节骨关节炎与阿尔茨海默病在表型上因抑郁共病而呈现正相关，但其遗传易感性实际上通过 MAPT 位点和 PI3K/AKT 信号通路增强了神经血管单元的保护作用，从而在生物学层面构成了对阿尔茨海默病的拮抗效应。